陽明学派としては、中江藤樹が一家を構え、その弟子である熊沢蕃山が岡山藩において執政するなど各地に影響を残した。いわゆる近江商法にその影響を見る者もいる。陽明学は知行合一を説く実践的な倫理思想となり、大塩平八郎の乱など、変革の思想になることもあった。
儒教と仏教が分離する一方、山崎闇斎によって神儒一致が唱えられ、垂加神道などの儒教神道が生まれた。また、日本の儒教の大きな特色として、朱子学や陽明学などの後世の解釈によらず、論語などの経典を直接実証的に研究する聖学(古学)、古義学、古文辞学などの古学が、それぞれ山鹿素行、伊藤仁斎、荻生徂徠によって始められた。
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江戸時代を通して、武家層を中心として儒教は日本に定着し、水戸学などにも影響、やがて尊皇攘夷思想に結びついて明治維新への原動力の一つとなった。
一方、一般民衆においては、石田梅岩の石門心学等わずかな例外を除き、学問としての儒教思想はほとんど普及せず、儒教的な葬礼が、檀家制度を通じ一般的となったのが、数少ない例外の一つであるが、儒教的な徳目は曲亭馬琴の南総里見八犬伝などを通じて教化が試みられた。